ウェブテクノロジユーザーサポートです。
お問い合わせの警告の件ですが、[WRN] ID:NotFoundSourceAnime というメッセージに関しては、インスタンスを使用した際の参照先のアニメーションがない場合に表示されるメッセージとなります。
ファイルの状況、操作の詳細が分かりませんが、改善方法としてはアニメリストでインスタンスの参照先を指定しなおしていただくと、警告の表示がなくなるのではないかと思われます。
[WRN] ID:NotFoundSourceAnime が表示される主な原因としては、ファイルネームの変更の際 SpriteStudio 上で変更を行わずエクスプローラやFinder上で行ってしまった場合にアニメーションを見失い表示されます。
以上が頂いている情報からの推測ですが、インスタンスを使用していなかったり改善しない場合は調査させていただきますので再度ご連絡いただけたらと思います。
ご確認よろしくお願いします。