ウェブテクノロジユーザーサポートです。
ご報告いただいた件につきまして、 SpriteStudio Ver.6.0 にてお客様のおっしゃられる現象を確認いたしました。
これは SpriteStudio Ver.6.0 の段階では"ジョイント以下のツリーで、ボーンパーツとメッシュパーツが並んだ時、フレームコントロール上でメッシュパーツより下のツリーにボーンパーツが配置された場合、(下層の親子階層というわけでなく、フレームコントロールの見た目上の下になります)メッシュパーツがそのボーンパーツを認識しない"というものになっておりました。
こちらに関しては、SpriteStudio Ver.6.1.1 にて解決を致しましたが、お客様のご報告では SpriteStudio Ver.6.1.1 で同様の状況が発生しているとのことで、予想外の状況が発生している可能性がございます。
データをお借りし調査する等させていただきたいと思いますので、お手数ですが問い合わせフォームからお問い合わせいただけましたら幸いです。
(なお、メニュー>ヘルプ>SpriteStudioについて でバージョンの確認も一度お願いできればと思います)
ご確認よろしくお願いします。