日頃より SpriteStudio をご利用いただきありがとうございます。
現在リリースしています PSDtoSS 6 Ver.1.2.0以降のバージョンにおきまして「sspj, ssae上書き」の有効 / 無効化の機能について正常に動作しておらず、常に上書きされる不具合が確認されました。
該当のバージョンをご利用いただいているユーザー様につきましては、sspj, ssaeの上書きを行わない場合、「sspj出力」「ssae出力」のチェックを外してコンバートを行ってください。
修正完了しましたらご報告いたします。大変ご迷惑をおかけし申し訳ございませんが、よろしくお願いいたします。
PSDtoSS6につきまして不具合などございましたら、issueにてご報告をお願いいたします。