ウェブテクノロジユーザーサポートです。
大変申し訳ありません、公開中のサンプルデータの不備が原因であることが発覚いたしました。
後日修正を行いますので今しばらくお待ちくださいますようお願いいたします。
新規にデータを作成した場合、ドキュメントに記載された制限に収まる .flaであれば、FlashToSS を実行した際にも、ssaxではなくssaeが作成され、生成されたssaeを参照するsspjを出力するようになっております。
お手数ではございますが、FlashToSS の検証の際は、公開中のサンプルデータをそのまま開かずに、Flash CS6 にて.flaを開いて出力し、出力したデータをSpriteStudioで開いてご確認ください。
なお、Animate CC 2018 には対応していませんのでご注意ください。
今後のFlash の互換性維持の方向性について
以上、ご確認よろしくお願いします。