SpriteStudioに限らず、ツールやハードウェアでは、見た目のピクセルよりも細かい座標定義ができるため、移動時等に誤差が生じ、それが隙間となって表示されてしまう事があります。
大きなパーツであっても、分割せずに1枚そのままを登録することをおすすめします。
分割する場合、分割した切れ目の部分が少し重なるようにパーツを作成し、誤差が出ても裏に絵があるような状態にすると、隙間ができるのを防ぐことができます。
この方法の場合、パーツを半透明にすると、重ねている部分が見えてしまうため、ご注意ください。
一瞬しか表示されないエフェクト用のパーツは、画像サイズを縮小し、スケールを使って違和感なくアニメーションを作成できないか試してみてください。