ウェブテクノロジユーザーサポートです。
お問い合わせていただいた件ですが、
>生成されたssceをSpriteStudioで読み込むと基準点が本来、画像の中心になるはずがずれた状態になる
とのことで、もし画像の中央でよい場合でしたら、Trim modeの[Crop, flush position]の方をご利用いただくと、画像の中央に基準点(SpriteStudio用語だと”原点”となります)を持つことができると思いますがいかがでしょうか。
お考えの結果にならないようでしたらご連絡ください。
ご確認よろしくお願いします。