ドット絵を扱っているので、全てのパーツを1px単位で揃えて使っています。FLASHのような他のパーツに張り付く機能があっても良いとは思いますが、とりあえず以下の手順が参考になりませんでしょうか。
1,[ファイル]⇒[プロジェクトの設定]⇒[互換性]の「X/Y座標アトリビュートの値を整数に制限する」にチェックを入れる。
2,セルリストから、揃えたいセルの原点を適当な整数座標に移動させる。(初期状態では、原点が整数値以外に指定されている事があるため、アトリビュート値だけ整数値に制限してもずれる。)
こうすると、パーツが1px単位で動くため、揃えやすくなると思います。揃えた後は、最初のチェックを外しても問題ないはずです。