pon_0423様
申し訳ありません、現在のSpriteStudioでは背景色を透過色としてアニメーションGIFを出力する方法はないです・・
ですので、出力した後に別途ツールで透過色を指定して保存しなおしていただく必要があります。
既にお試しかもしれませんが、一例としてGiam を利用した方法(外部サイト)を引用させていただきます。
SpriteStudioの透過GIFレンダリング対応については検討させていただきます。
対応され次第お知らせするようにいたします。
ご希望に添えず申し訳ありませんが、何卒よろしくお願いいたします。