SpriteStudioを新しいバージョンにアップデートする際に、現在使用しているバージョンに上書きする形でインストールすると、新しいバージョンでは使用されないファイル(fmx???.bpl など)は、アンインストールしてもインストールフォルダに削除されずに残ってしまいます。
アンインストール時に残ったファイルは手動で削除するようお願いします。
ファイルを残さないためにも、新しいバージョンをインストールする場合は、現在PCにインストールされているバージョンを、アンインストールしてください。
Version 5.3.5 以下のバージョンにダウングレードする場合、現在インストールしているバージョンをアンインストールしてから、インストールしてください。
Version 5.3.5 以前のインストーラでは、インストール先にSpriteStudioの新しいファイルがある場合、上書きはしない仕様になっているため、ダウングレードすることができません。
Version 5.5.0 以降では常に上書きする挙動に変わりました。