Watari様
お世話になっております。
SS6Player for Unity（以降SS6PU）の開発担当です。
まずはテストデータのご提供、ありがとうございます。
その上で、弊社にて再現性などのテストをいたしましたところ、（最終的にお手元で起こっている現象・原因と合致するかは現時点で不明ですが）近似の事象を再現できましたので、その近似の事象に対しての原因と対処法などをお知らせさせていただきます。
1. 色が変化する
端的に言うと、「画面のガンマ値がSpriteStudio（以降SS）でエディットした時と異なっている」のが原因かと思われます。
Unityの上部メニュー[Edit]-[Project Setting]を選択していただき、出てきたウィンドウの左のメニューの中の「Player」を選択します。
その中の「Other Settings」の中に[Rendering]-[Color Space]という項目がございますが……こちらが「Linear」（ガンマ値1.0）に設定されておりませんでしょうか？
この設定を「Gamma」（ガンマ値2.2近似）に設定していただけると、SSとほぼ同じ出力状態になるのではないかと思われます。
基本的にSpriteStudioは、作成環境の画面出力の設定をそのまま使用しますので、一般的にはsRGB（Standard RGB・ガンマ値2.2近似）での出力となりますが、Unityのバージョンによっては画面へのレンダリングがHDRや3Dのライト計算などで有利になる「Linear」（ガンマ1.0・直線変化）でデフォルトが設定されていることがあります（Unity6などは、URPのプロジェクトを作成した直後はLinearになっているかと思います）。
この描画の変更は、ポストプロセス（Post Processing Stack等）の設定上で（画面設定はLinearのままで、ピクセルの色の描画をsRGBで行うような形の決着の付け方で）近似の効果を出力することができますので、現在のプロジェクト設計に合わせてGammaでの色変化を行う方法をご検討ください。
※無論、元々のPC（Linux/MacOS/Windows）の画面設定をLinearにして、SSの方を合わせる方法もありはしますが……他のアプリケーションの画面出力もLinearになってしまうので、推奨しかねる部分はあります。
2. アルファが崩れる（一部のピクセルが不透明で出てしまう）
これについては、現状、なんとも言いかねるのですが……
Unity6のエディタウィンドウの描画リフレッシュの都合なのか、「Render Textureを作成したり」「Project Settingで描画に関連している設定を変更したり」すると、一時的にプレビューウィンドウの中で一部描画がアルファ（透過）情報が無視されたような描画になる場合があります。
これは、一度プレビュー再生（Unityの上部メニューバーの直下にある、シーン再生ボタン）を一度押下していただけると、エディタ上の描画が正常になるかと思います。
※ただ、こちらについては、起こし続ける（半透過などが消え続ける）方法が、まだ解っていないため……もう少し検証してみようとは思います。
取り急ぎとなり、またご不便をおかけして大変申し訳ございませんが、お手元のプロジェクトで上記の内容を検証してみていただけますと、非常に助かります。
何卒今後とも宜しくお願いいたします。
