お問い合わせありがとうございます。
UEにインポート時のAnimePackのインデックスは、元々SpriteStudio本体側の並び順に準拠していました。そしてSpriteStudio本体側では並び順を変更することは出来なかったため、基本的には名前指定での運用を推奨していました。(FName型を使って処理しているため、文字列比較によるパフォーマンスの不利はほとんどありません)
そのような状況だったのですが、SpriteStudio7.0でドラッグ&ドロップでのAnimePackの並び順変更が実装されていました。しかしUEプラグイン側がその機能に対応しておらず、UE側でのインデックスには反映されていませんでした。
SpriteStudio本体側でのAnimePackの並び替えを、UEインポート時のインデックスにも反映するよう改修しようと思いますので、申し訳ありませんがもうしばらくお待ち下さい。
ご使用中のUEバージョンはいくつになりますでしょうか?
UE5.1以前をご使用の場合は、プラグインバージョンを教えて頂ければそのバージョンへの差分パッチを用意致します。