お世話になっております。SS6Player for Unity担当です。
ご質問ありがとうございます。
本症状は初見だったのですが、当方でUnityとSS6PUの組み合わせを色々変更して検証してみましたところ、
（お手元の）Unity 20121.3.15LTSとSS6PU 2.1.8の組み合わせで
（おそらく具体的に起こっている現象そのものは違うはずですが）ユーザーデータのコールバック（イベント関連）が変になる症状を確認できました。
確認できた症状としては
- イベント関数が設置されている位置がデータと異なる or 設置されない ユーザーデータがある
- 同じパーツに設置されているユーザーデータで、（共用しているイベント関数に対して）最後のもののみがコールバックされる
となります。
こちらについては、少なくともUnity2021.3LTS環境（Windows x64用エディタ）において、
SS6PU Ver.2.1.21もしくはVer.2.2.0
では起こらないことが（当方の手元で）確認できております。
そのため、恐らくSS6PUをVer.2.1.21もしくはVer.2.2.0に更新していただくのが良いかと思われます。
Ver.2.1.21とVer.2.2.0の差異ですが……
https://github.com/SpriteStudio/SS6PlayerForUnity/wiki#%E9%87%8D%E8%A6%81ver2121%E3%81%A8ver220%E3%81%AE%E9%81%95%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6%E3%81%AE%E6%B3%A8%E6%84%8F%E7%82%B9
（SS6Player for UnityのGitHubのWikiヘッドページの該当記述へのリンクです）
の内容となっております。
※基本的に、データ形式以外は実仕様的な違いはないのですが……今後で出てくる予定でのメジャーバージョンアップ（例えばSpriteStudio7対応のプレーヤーなど）はVer.2.2.0を基礎としたものになる予定です。
GitHubからのダウンロードは、原則として、Gitクライアントソフトウェアの使用を推奨しますが、御事情など含みでGitクライアントソフトウェアを使用されない場合、
1. ブラウザで下記ページを開いていただき
https://github.com/SpriteStudio/SS6PlayerForUnity
2. 「Code」タブの下あたりにある「ブランチ」の選択プルダウン
（初期状態は「master」になっている可能性が高いです）から
Ver.2.1.21の場合は「develop」
Ver.2.2.0の場合は「develop_2_2_0」
を選択
3. ブランチの右側の方にある「＜＞Code」の緑色のボタンのプルダウンから、「Download ZIP」を選択
すると、ZIPファイルがダウンロードできるはずですので、そちらを展開後に、お手元のプロジェクトに上書きコピーなどを行っていただけますと、適用できるかと思います。
現在、UnityアセットストアへのVer.2.1.21ないしはVer.2.2.0の反映が遅れているため、お手数をおかけして申し訳ございませんが、上記の通りSS6PUのバージョンアップをご検討いただけますようお願いいたします。
何卒今後ともよろしくお願いいたします。
