OPTPiX ユーザーサポート 大野です。
お問い合わせの件ですが、基本的には追加分は手動で追加になってしまうと思われます。
パーツ作成前の設計の話になってしまいますが、SSCEでの原点設定やアニメーション作成前であればパーツ先頭に管理番号を付け、PSDtoSS6でのコンバート時に、設定項目の”Nameを利用することで、狙った通りのパーツ順にすることは可能かと思います。
追加パーツのすべてのパーツの予定がわかるようであれば、事前にダミーの絵を用意するのも1つの方法です。(サイズが指定があるなら、パーツの4隅にRGB値1%だけの1ピクセルの絵を置いて領域を予約してしまうことができます)
もう一つの方法は、SsMergeToolを使用した後に、もう一度PSDtoSSで”ssce読み込み”にチェックを入れ、出力フォルダ選択で該当ssceファイルをコンバートを行うと、再度詰め直しをしてくれますので、一度大きくなったセルマップが再度詰めなおされると思います。(この場合パーツを追加するたびに同様の作業が発生します)
(なおいろいろお試しされる前にファイルのバックアップをお勧めいたします)
いずれにしても若干裏技的な感じではありますが、お試しいただけますでしょうか。
ご確認よろしくお願いします。