OPTPiX ユーザーサポート 瀬良です。
PSDtoSS6 の中間データからコンバートした SpriteStudio データを読み込まれた際にレイアウトが崩れていなければ、コンバートの影響はありません。
また、「Z軸回転」については、0で設定されている場合、こちらも原点編集の影響はありません。
ただし、セルのメッシュ化を行い、メッシュパーツとした状態で、原点を編集した場合は、レイアウトが崩れることを確認しております。
そのためメッシュ化、メッシュパーツへの変換などを行う前に、原点の編集いただくようお願いします。
通常パーツの状態でレイアウトが崩れている場合は、データを直接確認できればと思いますので、コンバートしたデータをお渡しいただけないかご検討ください。
ご確認、よろしくお願いいたします。