ウェブテクノロジ・ユーザーサポート 瀬良です。
PSDtoSS6 でコンバートしたデータについて、親子パーツの関連を変更する場合は、セットアップデータに切り替えて編集いただくようお願いします。
SpriteStudio の仕様として、データ内にある座標の補正を行っているため、PSDtoSS6 で出力した直後のデータはセットアップデータのみに座標データが存在しているためずれが生じております。
座標データを追加後、アニメーションデータのパーツ位置を変更するとセットアップデータの配置が変化する点については、仕様となっております。
セットアップデータの配置が崩れた場合は、アニメーションデータの座標情報をセットアップデータにコピーください。
こちらは開発にフィードバックを行い、何らかの対応可能か確認しようと思います。
以上、よろしくお願いいたします。