ちびスタらぼ 様
お世話になっております。
祭日をはさんでしまったため、返信が遅れ申し訳ありません。
サポートセンターの担当が現在多忙にて、私（SS6Player for Unity担当）の方で代理で返信させていただきます。
ご指摘の状況は、
https://www.webtech.co.jp/help/ja/spritestudio/guide/output6/unity_chara_action/
（同じ）ページでの「キャラクター制御の準備」の6番で、スクリプトにドロップするプレハブが「character_template_3head_Control」だと起こってしまう症状になります。
「character_template_3head」のプレハブの方をドロップしていただけますようお願いいたします。
※Assetsのヒエラルキーからの選択の場合、データをインポートしたフォルダの「PrefabAnimation」フォルダの中にあるプレハブになります。
※この2つのプレハブの違いについては、後述いたします。
ただ、オブジェクト一覧から選択する場合に、間違いやすいとも思いますので、後日サンプルのスクリプトを「character_template_3head」「character_template_3head_Control」のどちらでも再生できるように修正するかもしれません。
ご指摘ありがとうございます。
余談:
この「PrefabAnimation/character_template_3head」と「character_template_3head_Control」の違いは、下記のURL（SS6Player for UnityのGitHub内のマニュアルのページです）にあります機能の違いとなります。
https://github.com/SpriteStudio/SS6PlayerForUnity/wiki/%E3%82%A2%E3%83%8B%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%AE%E5%86%8D%E7%94%9F#ControlPrefab
この違い（Instantiateが2段階で行われる）から、サンプルに制御用プレハブを指定してしまいますと、シーンに実体化した直後ではアニメーション本体側のプレハブが展開されていないために、ご指摘の通りscriptRootがnullになってしまうフレームが1フレームだけ存在します。
この仕様については、Unity2018以前のプレハブが入れ子にできない頃に同種のことを実現するための対処だったりしますので、今後でSS6Player for Unityの最低対応バージョンがUnity2018.4以降になった時に修正するかもしれません（後方互換を考慮しなくてはならないかもしれないので、現状不確定ではありますが……）。
色々とお手数をおかけしてしまい、申し訳ありませんが、何卒今後ともよろしくお願いいたします。
