お問い合わせありがとうございます。
ウェブテクノロジ ユーザーサポート 瀬良です。
アニメーションファイル(ssae) の名称については プロジェクトファイル(sspj) に保存されています。
リネームした際は、アニメーションファイル のファイル名は OS上で変更され、プロジェクトのデータが変更されます。
このため必ずプロジェクトファイルを保存するようお願いします。
保存せずSpriteStudioを終了した場合、プロジェクトファイル読み込み時に、ご指摘いただいたように変更前の旧アニメーションファイル名がグレーアウトして表示されますので、
メインメニューのプロジェクト > 既存ファイルの追加
から、リネームした アニメーションファイル を追加いただき、グレーアウトした旧アニメーションファイルを削除ください。
以上、よろしくお願いいたします。